Будучи научно-исследовательским учреждением, НИИ НДХиТ выполняет широкий спектр научных тем, которые носят как прикладной, так и фундаментальных характер.
Институт разрабатывает проблемы совершенствования этапной неотложной медицинской помощи детям при травмах; лечения гнойных ран; использования высокотехнологичных методов в абдоминальной хирургии; повышения эффективности лечения и восстановления переломов костей.
Одним из приоритетных научных направлений Института является совершенствование методов лечения повреждений центральной нервной системы. В этом отношении ведутся многоплановые исследования от изучения эпидемиологии данной патологии до разработки клинических стандартов ведения пациентов на догоспитальном этапе и экспериментальных исследований на животных по изучению эффективности клеточных технологий в процессе посттравматического восстановления.