Будучи научно-исследовательским учреждением, НИИ НДХиТ выполняет широкий спектр научных тем, которые носят как прикладной, так и фундаментальных характер. Институт разрабатывает проблемы совершенствования этапной неотложной медицинской помощи детям при травмах; лечения гнойных ран; использования высокотехнологичных методов в абдоминальной хирургии; повышения эффективности лечения и восстановления переломов костей. Одним из приоритетных научных направлений Института является совершенствование методов лечения повреждений центральной нервной системы. В этом отношении ведутся многоплановые исследования от изучения эпидемиологии данной патологии, до разработки клинических стандартов ведения пациентов на догоспитальном этапе и экспериментальных исследований на животных по изучению эффективности клеточных технологий в процессе посттравматического восстановления.
На стыке практической и теоретической медицины находятся исследования, проводимые сотрудниками Института совместно с Научным Центром здоровья детей РАМН по изучению функционального состояния защитных и приспособительных систем организма при неотложной хирургической патологии и тяжелой травме у детей.
На постоянной основе проводится работа в рамках программы «Совершенствование методов диагностики и лечения неотложных хирургических состояний и травмы у детей в г. Москве».
